Jest to błona śluzowa, którą wysłana jest jama macicy. Składa się z warstwy nabłonka walcowatego i tzw. podścieliska oraz gruczołów produkujących śluz. Rola endometrium jest powiązana ze stanem hormonalnym kobiety. Przed owulacją narastające stężenie estrogenów powoduje, że grubieje ono kilkakrotnie. Po owulacji przechodzi w fazę dojrzewania m.in. gromadząc substancje odżywcze niezbędne dla zapłodnionej komórki jajowej. Gdy nie dojdzie do zapłodnienia na skutek spadku progesteronu i estrogenów cześć endometrium ulega złuszczeniu co objawia się miesiączką. Występowanie endometrium poza jamą macicy nazywane jest endometriozą.